Pour la TVA cela ne change pas grand chose ... tu la paies ... mais tu la reverses pas ... donc kif kif (sans la paperasse)... et t'es même légèrement gagnant à la fin (sauf en cas de gros investissements ... mais pas trop le cas pour vendre sur la baie)
Pour vendre aux professionnels effectivement cela peut être pénalisant ... bien que ne reversant pas la tva tu peux vendre un peu moins cher ...

Pour moi le statut AE est bien pour débuter une activité et voir si ça marche ... et après tu rentres dans la cour des "grands" ... de toute façon, il y a un plafond de CA et une limite dans le temps par rapport à l'URSSAF je crois ...