les gratuits :
oscommerce : le plus puissant mais buggé. Ne nécessite pas de connaissances en php/mysql pour être installé.
zencart : évolution de oscommerce. plus beau, meilleure intégration, moins buggé. Globalement moins puissant mais plus accessible.
joomla/virtuemart : le moins puissant du lot, mais fait l'essentiel, très facile d'utilisation, des centaines de graphismes gratuits de haut niveau...
bien entendu tous gèrent paypal et il est facile d'exporter et importer ses produits en csv.
les payants : tous mauvais. aucun pro ne les utilise. web boutique ne fonctionne que pour de toutes petites boutiques, pas question d'y loger des centaines de produits.